Theo các Phúc âm chính thức thì Philatô đã chủ tọa buổi xử án Giêsu, và mặc dù ông đã nói rằng bản thân ông không thấy Giêsu có tội gì đáng phải xử tử, nhưng đã xử Người bị đóng đinh vào thập giá. Như vậy, Philatô là nhân vật then chốt trong cuộc đời Giêsu theo các trình thuật phúc âm.

Theo các phúc âm, Giêsu bị Sanhedrin (Hội đồng lập pháp) trao nộp cho Philatô, sau khi họ bắt giữ và thẩm vấn Người. Sanhedrin chỉ nhận được các câu trả lời của Giêsu mà họ coi là báng bổ luật Moses, mà dường như sẽ không bị coi là một tội chết bởi Philatô xử theo luật La Mã[21]. Phúc âm Luca[22] ghi rằng các thành viên của "Sanhedrin" nộp Giêsu cho Philatô và tố cáo Người tội "xúi giục nổi loạn" chống lại La Mã bằng việc chống đối nộp thuế cho Caesar và tự xưng mình là vua. Việc khích động chống đối việc nộp thuế là một tội chết[23]. Philatô chịu trách nhiệm về việc thu thuế cho đế quốc La Mã ở xứ Judaea. Giêsu đã từng yêu cầu người thu thuế Levi (thánh Mátthêu) làm việc ở Caphácnaum từ bỏ việc làm của mình. Ngài cũng đã ảnh hưởng tới việc trưởng ban thu thuế Zakæus ở thành Jericho từ bỏ việc thu thuế [24]. Câu hỏi chính của Philatô đặt ra cho Giêsu là liệu Ngài có tự coi mình là vua của người Do Thái không, nhằm để đánh giá xem Ngài có là một mối đe dọa chính trị tiềm tàng hay không, và Giêsu đã trả lời: "Chính Ngài nói đó". Câu trả lời này đối với Philatô là không đủ để coi Giêsu như một mối đe dọa chính trị thực sự. Các thượng tế bắt đầu đưa ra những cáo buộc đối với Giêsu, nhưng Ngài vẫn im lặng. Philatô hỏi tại sao ông đã không đáp trả những lời cáo buộc kia, và Giêsu vẫn im lặng, vì vậy Philatô đã "kinh ngạc".

Theo Phúc âm Mátthêu thì lúc đang xử án, vợ Philatô đã sai người tới yêu cầu ông ta đừng nhúng tay vào vụ xử án Giêsu[25]. Theo các Phúc âm thì vào dịp Lễ Vượt Qua - theo luật La Mã - thống đốc sẽ phóng thích một tù nhân, và Philatô đã cho người Do Thái chọn tha hoặc Barabbas - một tên tội phạm khét tiếng - hoặc Giêsu; nhưng các thượng tế và các kỳ mục đã xúi đám đông đòi tha Barabbas mà giết Giêsu[26]. Philatô thấy Giêsu không có tội, nhưng đã miễn cưỡng trao Người cho họ đem đi đóng đinh vào thập gíá.

Philatô ra lệnh làm một tấm biển gắn trên đầu thập giá mang dòng chữ INRI (Giêsu thành Nazareth, Vua dân Do Thái) tỏ ý cho biết lý do sự buộc tội về luật pháp khiến Giêsu bị đóng đinh vào thập giá. Các thượng tế Do Thái đã yêu cầu Philatô: "Xin đừng viết là "Vua dân Do Thái", nhưng hãy viết: "Tên này đã nói "Ta là vua dân Do Thái"[27]. Philatô trả lời: "Ta đã viết thế nào, cứ để vậy" ("Quod scripsi, scripsi"). Đây có thể là để nhấn mạnh quyền tối thượng của La Mã trong việc đóng đinh một vua của người Do Thái; mặc dù vậy, có thể là Philatô bị xúc phạm khi những thượng tế Do Thái dùng ông như một "người làm vì" để kết án tử hình Giêsu trái với ý muốn của ông ta[28].

Theo Phúc âm Luca thì các thượng tế Do Thái đã liên tục cáo buộc Giêsu, nhưng Ngài giữ im lặng. Khi biết Giêsu xuất thân từ miền Galilee, Philatô đã trao Giêsu sang cho vua Herod Antipas của xứ Galilee xét xử. Mặc dù lúc đầu Herod rất tò mò muốn gặp Giêsu vì đã nghe nói nhiều về Ngài và mong được xem Ngài làm một vài phép lạ. Herod hỏi Giêsu nhiều điều, nhưng Ngài không trả lời; rốt cuộc ông ta cũng nhạo báng Ngài và trả Ngài lại cho Philatô xét xử[29].

Không giống như 3 Phúc Âm Nhất Lãm, Phúc âm Gioan đưa ra nhiều chi tiết về cuộc đối thoại giữa Philatô và Giêsu. Theo Phúc âm Gioan thì Giêsu đã xác nhận Ngài là vua, nhưng vương quốc của Ngài không thuộc về thế gian này[30].

Philatô vẫn có ý tha Giêsu, nhưng đám đông la hét phản đối rằng: "Chúng tôi có lề luật; và chiếu theo lề luật này thì nó phải chết, vì nó đã xưng mình là con Thiên Chúa[31] và: "Nếu Ngài tha nó, Ngài không phải là bạn của Caesar. Ai xưng mình là vua thì chống lại Caesar"[32]. Cuối cùng thì Philatô trao Giêsu cho người Do Thái đem đi đóng đinh vào thập giá.